Strain | Pseudomonas caeni DSM 24390 H591DRAFT_scaffold00009.9_C, whole genome shotgun sequence. [Details] | |
DNA Sequence Upstream of Gene |
GTCATTAGCGATTTGTGCCGCTGAAGCCATTCGTACAGCGAATAAGAATAAGTCTGTTGAGTTTGGTGTAATTGCAACGGATATCAGTCATAGCGCTTTA CGCAAAGGCCGCCAGGCTAAATATGATCCGAAACGCTTGGATCGTGTACCTGTTGAACTGCTTGAACGATACTTTACGATGCAGTCGGATGGATTATATC GAGTAGTAGATCGACTAGTGAAACGCTCATGTTTTACTAGATTAAATATGCTGGATTTGGCGCATGCGCCCATTTTTGGTATGGACGTTATTTTTTGTCA AAACGTGTTGATCTATTTCCGCCGCTGGCAGCGACGCGAAATACTTAATCGTTTAGTGGCTCGGTTAGCGCCGGGCGGAATGTTGGTCATAGGTGTGGGT GAAGTTGCTGGATGGCAGCACCCTGATTTAGAGCCTGTTGCCGATGAACGCGTTTTGGCTTTTACCCGTAAGGGGTAGCATGGATATGAGCGGAGTAGTT
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DNA Sequence for Gene |
>H591_RS0112550
ATGGGTGATCGGCACGATTATGTCGCCCTGGAATGGGTTAAAGGCGAAATTGCAGAAACCCTAAAACAGGCGCGTCACGCACTGGAAGAGTTTGTGGAGA ATCCTGAGGATTCAACACGACTGCGTTTTTGCTTAACCTATGTGCACCAGGTCCACGGCACCTTGCAAATGGTTGAGTTCTTTGGCGCAGCTTTGCTTGC TGAAGAAATGGAGCAGTTGGCGCAAGCTTTGTTGGAGAATCGCGTCAATAACTTAGCAGAGTCACTCGAAGTGATGATGCAGGCTATTTTGCAGCTGCCT TTGTATTTAGATCGCATTCAAACTGCGCGTCGTGATTTACCCATGGTTGTTTTACCGCTACTCAATGATTTGCGTGCGGCGCGCGGTGAGAAGCTGCTTT CTGAAACGAGTTTGTTTACTCCAACGTTTCAGGCTAAAGCAGAGCCGCTGAGCGCTGCGCGTTTGCAAGAGTTGAGTGTGCCAGCACTGCCTTTGTTGCT AAGAAAGCTGCGCCAAATGCTTCAGGTTGCGCTAGTTGGTGTGCTGCGTGGGCAAGATTTACCAACGAACTTAGGCTACATGGCTCGCGTATTTGCGCGC CTTGAAACGCTGAGTAAAGATGCACCGCTAGAAACGTTGTGGCAAGTATCTGCTGGCTTGGTTGATGGCTTGGCTAACGGCAGTGTTGAAGCCGGTGCAT CGGTGCGTACATTATTACGCCAAGTTGATCGTGAGCTGCGGCGTTTAGTGGCTGAACAAGCTCCTGGGCTCAATCAGCCGGCGTCGATCGAACTGATTAA AAATATTCTTTTTTATGTCGCTAAAGCACAAGCGAACTCTGAACGTTTGCAGCGTTTGCATGAACAGTACCGTCTCGATGAAGCGTTACCCAATGAGTTG 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CACACTGCTTACCAACAGCTGCTGGCTGAAGTAGCAAAAATCCGCCAAACATTGCCAGAGCATTTACTGGCACAACTGCTTGTTCAGCCTGAGCAAACAG AGATTGAAGAAAGCAAAGCTCTACAGCTTGCTCAGCCGATCGTTGCAATCAGCGAAGTAGGTCGCAAAACGGTTGATAATAAAGTACTGCCTTTTGTTGA AAAAGCGCAATTACAGGCGGCGGAGAGTAGTGCTCAGCGCGCACCGCAAGAGCAAGTGCGAGTGCCGGCTGAATTACTGGAAGGTCTGGTTAACTTAGCC GGTGAAACTTCTATTTTCCGTGGTCGAGTTGAACAGCAAGTCAGTGACTTTGGTTTTACGTTAGGTGAGATGGAGGCGACGATTGATCGTGTCCGTGATC AGTTACGTCGTCTCGACACTGAGACCCAAGCGCAAATTTTAAGCCGCTACCAAGCTGAAACAGAGAAAGCAGGTTACGAAGATTTTGACCCGCTGGAAAT GGATCGCTATTCACAGCTGCAGCAATTATCGCGCGCTCTATTTGAATCTTCTTCGGATTTATTGGACCTCAAAGAAACCTTGGCGGTGCGTAACCGTGAT GCAGAGACATTATTACTGCAGCAGGCGCGTGTTAACACTGAACTGCAAGAAGGTCTTATGCGCACGCGGATGGTGCCCTTCGACCGTTTATTACCGCGTT TACGTCGTGTAGTACGCCAAGTATCTGGTGAGTTAGGAAAAAAGGTCGAGTTTGTTGTTGCTAACGCCGAGGGCGAGGTTGACCGTACTGTGCTTGAGCG CATGTTGGCGCCACTTGAGCATATGCTGCGTAACGCCGTTGACCATGGTATTGAGTCAGCAGAACAACGCCAAGCACTGGACAAACCTGCCACAGGTACG ATTCGTTTAGAGCTGACTCGTGAAGGTGCTGATATTTTACTGGTACTGTCTGATGATGGTGCAGGTATCAATCTAGACGCGGTACGCAATAAAGCTATCG AACGCGGTTTAATGACCAGTGATGCGTCGTTGACTGATCAAGAGATTATGCAGTTTATTTTGCATGCAGGTTTTTCAACTGCAGGCCAGGTTACGCAGAT TTCTGGACGTGGCGTCGGCATGGATGTTGTGAGTGCTGAGATTAAGAAAATCGGTGGCTCGATCAGCATTGATTCGACGCTAGATAAGGGGACTACGTTC TATATTCGTCTACCCTTTACCGTATCGGTTAACCGCGCACTGATGGTAATGGCAGGTGAAGATTCCTATGCGATTCCATTGAATACCATTGAAGGGATCG TACGTATTTCACCTTATGAGCTTGAAGCACTGTATGAGCAAGAGCGTGATGAAGGTAAGCCAGCAAGCTTTGAATATGCAGGACAAAGCTACGAACTGAA ATACGTCGGAGACCTGCTCAATAATGGCCAGCATCCAAAGTTGGTCGGACAGACGCTGCCTCTGCCCGTTATTTTAGTCCGTTCGAACGAATACGCGGTT GCTGTGCAAGTCGATGTGCTCGCCGGTTCGCGTGAGATCGTGGTAAAAAGCATGGGACCACAATTTGCCAACGTACATGGTATTTCTGGGGCTACCATTC TCGGAGATGGTCGCGTAGTTGTTATTCTCGACTTATTGGCAATGATTCGTACCGATTACACTCGTAAGGGTGTGAAAGGCGCATCCGATATGACCCTTCT GTCAGCAGTGGAGTCTGACAAGCGTGTGGCTACCTTAGTGATGGTGGTGGATGATTCTGTGACAGTGCGCAAGGTGACAACACGTCTGCTTGAACGCCAC GGTATGAACGTGCTGACCGCTAAAGACGGAATGGATGCGATTGCGCAGCTGCAAGAAACTAAACCAGACATTATGTTGCTCGATATTGAGATGCCGCGCA TGGATGGTTTTGAGGTTGCAACTCTGGTACGTCATGATGAGTTCTTGAAAGATTTACCAATCATCATGATTACTTCGCGTACCGGTGAAAAACACCGTGA GCGTGCAATGGCAATTGGAGTTAACGACTACCTAGGAAAGCCTTATCAAGAGACTGTCTTGCTTGAAGCAATTCATAAATTGATTAAGAGCGATGACTAA
BLASTN Search
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DIAMOND BLASTX Search (DIAMOND is faster than BLASTX)
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DNA Sequence Downstream of Gene |
CTTTGCAGTGATTCGAGTTGCTGTTGTAGCGGATACCTCGCTGCAACGGCATATTTTGCAACAGTTTTTACTAAAACAAGGTTATCAAGTTGTTCTCAAT AGTGATCCGCAACACTTAGATCTTGATGTATTACAGACCTGCGAAACTGATTTATGGCTGTATGGTATGGCCTCTGCAAACGACGATGACTGCATTGTCT TGGATTATTTTTTAGGCGAGGCAACCGTTCCAGTATTGTTTGGCGAAGGCTCTGCTCCTGAGCGTAGCTCTGAAGAATATCCGCGTTGGGAGCGGAGTTT ACTGAATAAAATCATGCATTTAACTCGGCACTTGGGTGTCGTGCAAGCTATCAATGAAGTGCCGCTAGTCGCTATGAAAAACGCTATAGCAGAACAGCCG ATTGAGTTGCCGCAATGTTTTGCAAACAATTCTGCAGTGCCCGGGCAGCAAGCTAAATATGTTTGGCTATTAGCTGCATCGATGGGTGGCCCGCAAGCGA
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Amino Acid Sequence |
>chemotaxis protein CheA
MGDRHDYVALEWVKGEIAETLKQARHALEEFVENPEDSTRLRFCLTYVHQVHGTLQMVEFFGAALLAEEMEQLAQALLENRVNNLAESLEVMMQAILQLP LYLDRIQTARRDLPMVVLPLLNDLRAARGEKLLSETSLFTPTFQAKAEPLSAARLQELSVPALPLLLRKLRQMLQVALVGVLRGQDLPTNLGYMARVFAR LETLSKDAPLETLWQVSAGLVDGLANGSVEAGASVRTLLRQVDRELRRLVAEQAPGLNQPASIELIKNILFYVAKAQANSERLQRLHEQYRLDEALPNEL LLDEERARMAGPDRGAMRSVVAALCEELVRIKDNLDLFVRSDRSKLDELSALQIPLKQIADTLAVLGFAQPRKVVLDQIEVVASLVNGSTEPSEAVLMDV AGALLYIEATLTGMAGSSDDIKNEQNLMPTTDVRQIHRLVIKEARTGLEHAKDGIIEFIASQWNHEHLAKVPYLLNQVRGGLVMIPLERAAALVETCRRY IEEQLFEQKMIPNWQNLDTLADAITSVEYYLERLVEDHASQGETILDVAEESLTSLGYSPYLPLTVASDDVLELESEQDVADTLEVETAEHEPLAETDWS TIALDTEADSIAHQAVETEALPTFASDSFIASGDAVDLPAFVDDIELEIVENDFVPVEPLFTTEDVHLLATEATTDAEADFVIDLAPEINAVEISAEAEL ELSESKESEPALPASQPQTLDLSDIPDVELPQIIIAEASEHEPAELSLQDVMSSSVARVNPPATDVPPSILPPPADEEPIDEELQEVFVEEAEEVLETLN EFYPKWRANQDDQEALTEVRRAFHTLKGSGRMVRALVAGELAWSIENMLNRVIEGSVEVSEPLLQVIADVITLFPELVVEYAEQQQRQRDDVDQLAAIAH ALARKEPLPNFSTATAVSDIPDWDASDDFSDLAEEDALEINLELPEQDVAAEADVLLSVEMLENNESIDPVLLDIFHNEAQAHLQTLVGFLADCAQQLPK TISDDLQRALHTLKGSAFMAGILPIAHIASVLEKLAKEYQANLLAVEFNEALLLSEAEQLLRIGIDQLTTTPLKEIEGSAAFIEKLEQVMHARLAHAEDL KNGDPKGARDPKIISTFLSEGMDILLDMDEQLQDWQKHPTQRQELAALLDELVRLGHSAEQAELPQVEDICNALLEMYQAVENGRLLTEERFFAQAKKAH DALINMMDQVAAGLQVEPQQECIDALYELMAEELQSSELPDTLVFEPVIADANDSISTVLETDLEPLFDEDFESDADLALEFSGVESTPQEPVEFESDTA KTNETEEILTVLETVPEPSADEVFSVSCLDEEMVEIFLEEAMDLLESAGESLEAWLASPQSNVMSALLRDLHTLKGGARMAEIKPIGDLAHEIESLYEGL LDGRYSHSDELGDMLLRGHDRLAVLLDQLQARQPMQQPVALIESMKAFRRGETAPLIQTVDTLEYQADIEISEATGQDISATKLETAVPANTAWDVVELE KELNDESVESDFPRAAAENTESFTLDNFDDELEESLVLPDAESVEPQVSSIEDEPESETVISTHDLRDPELVEIFLEEGFEIIESATAALLRWVKQTDNT LELETLQRDLHTLKGGARMAEIPEIGDLAHELEFLYEDLSAGKFNVGSPIFNLLQDSHDALAIMLEAVRDYKELPDGQALIIQIKNMRTNKSEQLEVPTS LQVQAAHESAQEKNDEVSSIFIIEADELLTELSTALTAFDNAPQSEQAVKDALRVLNTLKGGARLAEAQNIGNISHELESELLAASQQGQPWPENLRSHF HTAYQQLLAEVAKIRQTLPEHLLAQLLVQPEQTEIEESKALQLAQPIVAISEVGRKTVDNKVLPFVEKAQLQAAESSAQRAPQEQVRVPAELLEGLVNLA GETSIFRGRVEQQVSDFGFTLGEMEATIDRVRDQLRRLDTETQAQILSRYQAETEKAGYEDFDPLEMDRYSQLQQLSRALFESSSDLLDLKETLAVRNRD AETLLLQQARVNTELQEGLMRTRMVPFDRLLPRLRRVVRQVSGELGKKVEFVVANAEGEVDRTVLERMLAPLEHMLRNAVDHGIESAEQRQALDKPATGT IRLELTREGADILLVLSDDGAGINLDAVRNKAIERGLMTSDASLTDQEIMQFILHAGFSTAGQVTQISGRGVGMDVVSAEIKKIGGSISIDSTLDKGTTF YIRLPFTVSVNRALMVMAGEDSYAIPLNTIEGIVRISPYELEALYEQERDEGKPASFEYAGQSYELKYVGDLLNNGQHPKLVGQTLPLPVILVRSNEYAV AVQVDVLAGSREIVVKSMGPQFANVHGISGATILGDGRVVVILDLLAMIRTDYTRKGVKGASDMTLLSAVESDKRVATLVMVVDDSVTVRKVTTRLLERH GMNVLTAKDGMDAIAQLQETKPDIMLLDIEMPRMDGFEVATLVRHDEFLKDLPIIMITSRTGEKHRERAMAIGVNDYLGKPYQETVLLEAIHKLIKSDD
BLASTP |
DIAMOND BLASTP (DIAMOND is faster than BLASTP)
Search for conserved domains in this protein at NCBI CDD site
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